¿La mejor configuracion? Tener bien puesto los puertos, tener un limite de subida para no saturar la conexion y compartir lo suficiente y poner un numero de conexiones maximas que no sature la conexion.
Vamos, que utilizando el asistente que trae el eMule y configurando los puertos y el limite de subida ya tienes una configuración correcta para usar eMule.