no se si se pueda hacer el avi con los 2 audios, y que alfinal el archivo tenga extension de avi... puedes usar matroska o OGM, y en ambos puedes agregar pistas de subtitulos y capitulos.
yo solo he usado el OGM hace mucho, pero he leido que el matroska es mejor, ya que te corta la pelicula exactamente a los 700 mb y en el ogm a veces esos 700 mb no estaban en un keyframe, y tenias que ponerle menos MB a uno y al otro disco con mas MB ponerle overburn...