A ver, la conexión maestro-esclavo es bastante sencilla, el maestro va al final del cable IDE y el esclavo en medio, también es buena la opción cable select, aunque es mejor lo de colocarlos tú com master y slave. La posición de los dispositivos es relativa, si vas a grabar siempre desde el disco duro, te recomendaría la configuración de dos discos en el IDE 1 y el lector y grabadora en el 2. Sin embargo, si vas a grabar también al vuelo, cosas como pueden ser cds o incluso dvds, lo que yo te aconsejo es que pongas el lector de DVD y el disco desde el que grabes los datos (generalmente el segundo) en un mismo IDE2 y la grabadora de DVD y el disco de sistema en IDE1, por qué esto, porque el flujo de información es más fluido entre los dos canales que en un mismo canal, de esa forma, el disco desde el que se graba nunca está en el mismo IDE que la grabadora

. Eso si, por supuesto los HDs como master si los pones en la segunda configuración. de todas maneras no importa tanto el tema master-slave, sólo es una configuración para reconocer los dispositivos, lo único por la organización.
Espero haberte servido de ayuda. Suerte