Saludos
Yo te recomendaria actualizar IE hasta la ultima version y las actualizaciones criticas de windows hasta que no te detecte que te falta ninguna, una vez hecho esto, deja de usar IE y usa Mozilla u otro alternativo (evidentemente estos tambien debes tenerlos actualizados a los ultimos parches contra exploits de seguridad)
Por mi experiencia profesional el 50% de la porqueria entra por resquicios de seguridad de IE, el 45% restante entra a traves del correo electronico y mas si usas Outlook Express asi que mira tambien de usar un cliente de correo alternativo (yo recomiendo Thunderbird)
El 5% restante suelen ser bichos que entran por disquetes o macros de word y excel y cochinadas varias de esas ...
Despues yo le pasaria un tratamiento completo de adware y spybot, y nunca viene mal pasarle un antivirus online como los de panda software o bitdefender.
Es aconsejable tener un buen antivirus y un buen firewall (personalmente recomiendo como antivirus NOD32 y como firewall Kerio Personal Firewall)
A partir de ahi deberia funcionarte la maquina perfecta.
Yo ando usando un W2000 Prof desde hace unos 4 años y es el sistema mas robusto y estable que he probado para el trabajo ofimatico del dia a dia y como bien dices en una maquina antigüilla es el que te dara una mejor relacion de rendimiento/seguridad/fiabilidad
Byes!
Speed_DC