Le pasaria unos programitas que te chequean el disco duro, no te puedo decir nombres pq no me acuerdo ahora pero mira por softonic utilidades, a ver si encuentra algo.
Lo que yo haria si sigue asi:
1.Salvar todos los datos importantes, o hacer un volcado a otro disco duro.
2.Eliminar la particion y crearla de nuevo.
3.Formatear
4.Instalar el S.O.
Si has podido hacer todos los pasos es que el disco duro esta bien, se habria jodido un poco la particion, a mi me paso algo parecido, y desde el mismo estoy escribiendo ahora.