Tienes dos opciones:
1) Copiar o sobreescribir la carpeta favoritos de tu segunda unidad a a la unidad donde tengas el sistema operativo (modo sencillo)
2) Editar el registro y buscar la cadena "c:\windows\favoritos" ( en caso de ser windows 98 o winme) o la cadena c:\documents and settings\administrador\favoritos" ( en caso de ser windows XP), una vez tenemos la cadena basta con editarla y modificar la letra de unidad por la nueva letra y la ruta hacia la carpeta favoritos, recuerda q no es una sola cadena sino varias. (modo complejo)
Un saludo.
