Buenas, yo editaría el mp3 directamente con el nero cuando lo añades puedes editar y ponerle los puntos de corte viendo el esquema de audio... Tipo wavestudio... No sé si sabes de lo que hablo... voy a intentar detallar:
Abres el nero, pones audio e insertas el mp3 en cuestion, cuando está insertado en la ventana del nero, tanto express como normal nero burning rom desde la versión 5.5.x puedes pulsar en propiedades del archivo que tienes insertado y establecer otros inicios y cortes, lo que te interesa a ti son los cortes, vas aesta pestaña y desde ahí te crea una visión del archivo en cuestión, donde veas que la frnajha verde baja es un final de una cancion te vas a ese punto y pones unpunto de corte.
Suerte.