Además del hilo de Kanuac, que da detalles muy importantes como evitar SIEMPRE el "transcode", añadiendo un par de cosas y resumiendo mucho mucho mucho pero que mucho para ponerlo sencillo, yo diría que:
- Bitrate alto (>160 kbps) -> Musepack (MPC), el formato de los audiófilos. Gran tamaño, gran calidad. Si la compatibilidad te la suda, perfecto, porque no es compatible prácticamente con nada fuera de un PC.
- Bitrate medio (96~160 kbps) -> Ogg Vorbis o LC AAC, los dos que compiten por ser el estándar del futuro, aunque en principio AAC lo tiene más fácil.
- Bitrate bajo (<=64 kbps) -> HE AAC, EL formato para bitrates bajos, realmente sorprendente. Se come a todos sus competidores y con diferencia, pero aun así no vas a conseguir una calidad percibida de CD, solo algo parecido.
Eso es lo que yo recomendaría, pero en general se obtienen buenos resultados con los 3 codecs. Mejores que con MP3, al menos. Yo suelo andar por los medios, así que me pongo Vorbis a calidad 4 o 5 y a tirar, y además es compatible con mi portátil (Rio Karma).
Y nunca uses formatos 100% cerrados como WMA, sería como suicidarte poquito a poquito.
Saludos.