El msn messenger te abre siempre con el IE y no se puede cambiar.
Hay dos soluciones:
1. Instalar el msn plus, un addon para el messenger, que en una de sus opciones te deja elegir navegador (esta opcion no la se a ciencia cierta, pero creo recordar que si se podia hacer)
2. Instalar amsn, un clon del msn pero opensource (el que yo utilizo) que ademas de otras ventajas (e inconvenientes, todo hay que decirlo) te permite abrir el correo con firefox
