A ver, procurar no, si los dos discos estan como master o slave no los reconocera, dependiendo de la placa te dara una opcion para botear sobre un disco u otro(s-ata (scsi a veces),hdd0 o similar)... todo esto en la bios por supuesto, yo tambien tuve problemas para poner el asunto bien despues de montarme el raid 0 de s-ata....
Salu2
el s-ata tambien tiene un jumper pero ni se te ocurra cambiarla, podrias petar el disco....