Con esto lo puedes hacer. Es el PS2HDD Utility. Ten cuidado con el HD que seleccionas!!!! Luego le das a "erase HDD" y listo siempre y cuando hayas utilizado al menos una vez este disco en la PS2. Si no lo has utilizado nunca ese disco en la PS2 debes clicar en "Partions"
REPITO: Cuidado con el disco que seleccionas!!!
Yo no me aclaro mucho con el GUI, con comandos lo veo mas sencillo. Aqui en EOL habia un tuto con todos los comandos que puedes utilizar en el HDl_dump
Saludos.-