presupongo q estas con el virtual dub o similares. Tienes q seleccionar "Full Processing Mode" en el menu video para q recomprima el AVI, y tb en ese menu tienes q seleccionar "Compression", en donde elegiras el codec con el q lo quieres hacer (DivX, XVid, etc ...).
Lo q no entiendo muy bien es para q quieres "pegar" los subtitulos, yo los prefiero en un fichero aparte, asi los pones o quitas segun tu gusto y no te "mancha" la peli.
Saludos