A ver, si lo he entendido bien, llegaste a borrar el HD, y intentaste cargar el 2000 de nuevo y te dice que los archivos estan jodidos.
Yo te doy dos posibles soluciones, que me he encontrado.
1. Posiblemente el CD ya este dañado y cuando lee la zona donde estan ciertos datos del sistema, no las lee bien y te pasa esto.
2. La Ram. Prueba a cambiarla, coge un modulo de un amigo y prueba a instalar 2000, si se instala, ahi tienes la raiz del problema.