Hideo Kojima ha comentado varias de las novedades que incorporará la tercera entrega de Metal Gear Solid.
Empezando por el ya conocido "Camouflage Index", que aparece indicado por un porcentaje en la parte superior derecha de la pantalla. Esta cifra oscila mediante tres factores distintos y determina el índice de camuflaje de Snake respecto al entorno. Dependiendo de la postura que adopte (totalmente estirado o agachado entre la maleza por ejemplo), de la ropa que lleve y de la utilización de pintura facial podrá aumentar su "Camouflage Index" y pasar totalmente inadvertido. Esta novedad potencia el aspecto de supervivencia en MGS3 por encima de todo.
Junto con el camuflaje viene ligado otro añadido, creado en conjunción con Motosadi Mori (consultor militar de la serie), el llamado "CQC" ("close quarter combat mechanism") o lo que es lo mismo, el nuevo sistema de combate que nos permitirá neutralizar a varios guardias simultáneamente, ya sea cuerpo a cuerpo, con una gama de movimientos ofensivos que podremos utilizar según el entorno, o bien haciendo uso de la pistola o el cuchillo. El sistema se activará cuando tengamos seleccionada una de estas dos últimas como arma principal y nuestra postura afectará la capacidad de ataque.
Para que todos los movimientos que realicemos sean lo más realistas posibles, se ha optado una vez más por hacer uso del motion capture con algunas novedades usadas hasta ahora solamente en el mundo del cine, como la utilización de un dispositivo para controlar la presión del aire y poder volar literalmente al especialista, como si del efecto de una explosión se tratara.