God Eater 3 nos presenta un mundo devastado por los Aragami, unas bestias cuyo único objetivo en la vida es destruir y devorar. Estos monstruos siguen vagando por la Tierra sembrando el caos y la destrucción, pero han nacido nuevos héroes para salvar al mundo y devolver el equilibrio: los God Eaters. Estas personas han recibido el don (o maldición) de portar las God Arc, unas armas biológicas en forma de implantes que funcionan con células de Aragami que han sido fabricados por la organización Fenrir.
Los humanos que han subsistido a la destrucción de los Aragami se refugian en bases subterráneas a las que llaman puertos. Uno de los supervivientes es Yugo Pennywort, protagonista de God Eater 3 y uno de los máximos exponentes de esta nueva oleada de devoradioses. En su aventura para destruir a los Aragami y recuperar el equilibrio le acompañarán otros God Eaters, tanto nuevos como recuperados de entregas anteriores. También repetirán algunos Aragami, sin embargo otros serán completamente nuevos.
God Eater 3 también presentará novedades en forma de nuevas mecánicas, incluyendo el Burst Plugin que permite ampliar el rendimiento básico de cada God Arc y el sistema Engage, que se activará bajo ciertos requisitos cuando los personajes premanecen cerca el uno del otro. Asimismo, hay nuevas categorías de armas celestiales como Biting Edge, ideal para ataques rápidos, así como la opción de juntar hasta 8 jugadores para colaborar.