A ver, novedades, he puesto el juego (Thief) en modo ventana y el flickering ha parado, cuando lo pongo en pantalla completa me hace ese flickering que decis, pero no en el juego en si, si no en las pantallas de carga, etc...Otra cosa, cuando ejecuto en pantalla completa, el segundo monitor se queda en negro (como si tambien estuviera reaccionando al ejecutar el juego). Tengo el escritorio en el catalyst c.center con el que juego configurado como "escritorio principal" y los escritorios, en windows, estan configurados en "extender pantallas".
Mas pruebas que he hecho, he desactivado la casilla "Ocultar los modos que no se puedan mostrar en este monitor" (Resolucion de pantalla -> Configuracion Avanzada (del segundo monitor) -> pestaña Monitor) y entonces va bien, aunque el borde de la pantalla principal, en la esquina inferior derecha se vuelve verde (no durante el juego por eso).