hombre, claro que en windows puede usar mas de una particion (ya, ya, tu te refieres a /home y demas, no a una particion donde sin mas, almacenar archivos a lo bruto).. pero si en su dia no hizo mas de una particion como parece ser el caso....
sobre el tema en si, yo formatearia previo backup de todo lo necesario, pero sin ningun tipo de remordimiento, me quedaria mas ancho que largo
si quieres calentarte la cabeza un rato sin formatear, pues usa programas del estilo del cccleaner, el norton check noseque, o disk doctor, o algo asi, el tuneup y tal, y pasales los scans y checkeos pertinentes, asi como desfragmentaciones de disco y registro