Cuando haces un cambio de hardware, sobre todo la placa(micro, grafica, etc.. no es necesario), lo normal es formatear, ya q el S.O. tienes todavia los archivos de la otra y se hace un lio.
Formatea e instala desde 0.
Lo logico es tener el S.O solo, en una particion, sin ningun archivo importante, y luego una o varias particiones mas con lo importante, asi llegado el caso(como el tuyo, por ejemplo) de tener q formatear, no pierdes "nada".