Tu CD de Win98 no es autoarrancable?
Si lo es puedes arrancar desde el y reinstalar encima (o mediante EXTRACT.EXE extraer manualmente los archivos que te faltan).
Si no lo es, pero el PC te arranca hasta antes de arrancar el GUI, puedes editar el config.sys y autoexec.bat para que cargue drivers de CD, y entonces reinstalar.
Tambien puedes usar una Linux Live como te dice Musice, y si tienes dos unidades CD, en la que te quede libre metes el CD de win98 y copias el directorio \Win98 a la particion de Windows (que al ser win98 sera FAT seguro).
Luego vuelves a tu Win98/DOS y como tendras los archivos de instalacion en el disco duro, pues desde ahi reinstalas o extraes los archivos que falten manualmente, tu veras.
Por curiosidad, que archivo/s te dice que falta/n? (si son pocos)
Saludos!
