Tienes 2 formas de hacerlo.
Bloqueo de Puertos (con el pblocki por ejemplo), o instalando un firewall.
La diferencia entre ambas formas de actuar es que mientras el primero lo que hace es cerrar el paso a los puertos (que tengas abiertos) que quieras tener cerrados, el otro, el firewall, lo que hace es tenerlos todos cerrados y abrir solo aquellos que permitas. Es mucho más seguro éste último sistema, el firewall, que el de bloqueo, ya que solo permite el tráfico a/desde internet que tu aceptes.
Y tranquilo que el uso de un cortafuegos no afecta al emule siempre y cuando le des permisos.
Ciao.
