Pues ahora si me agarraron en "la lela", famelico esperando al de la pizza que ya tardo y con problemas en la impresora que se niega a imprimir.
Como sea, la unica forma de girar sin recomprimir seria desde el Multiplexor, el multiplexor es el software que crea el archivo contenedor -en este caso el archivo *.MP4- en el cual inyecta el stream de video y los streams de audio y los subtitulos -si los lleva-, se le pueden dar indicaciones de como se debe de manejar el stream de video como relacion en pantalla y me imagino tambien si se debe de girar. El multiplexor mas comun para crear archivos contenedores MP4 es el MP4Box -lo usan muchos programas de edicion y codificacion de video ademas de estar en forma Standalone-, busca si dentro de sus opciones esta la de girar el video y con eso sera suficiente.
Si no tienes esa opcion, me temo que la unica forma sera recodificando el video y dejando el audio sin tocar.