Yo tuve que hacer algo parecido cuando fui a Los Angeles vía Atlanta. Y es justamente lo que te han dicho. En Filadelfia tendrás que pasar el control de pasaportes (inmigración, te harán una serie de preguntas, te echan la foto y deberás entregar el papelito que habrás rellenado en el avión), después te vas a las cintas a recoger tus maletas. Sigues andando, con las maletas, hasta que llegas a otras cintas, donde deberás buscar las correspondientes a tu vuelo (a San Francisco), las dejas en las susodichas, y vuelves a pasar el control de seguridad. Luego es lo de siempre, buscas tu puerta de embarque y te montas en tu vuelo.
Lo bueno: Cuando llegues a San Francisco, no tendrás que volver a pasar el control de pasaporte.
Lo malo: Asegurate que tienes tiempo entre los dos vuelos. Yo iba con 2 horas de margen, y entre que salió el avión tarde (no se supo porque) y en el control de pasaportes había una cola inmensa, pude entrar en mi avión justo cuando cerraban las puertas (luego, por supuesto, mis maletas no llegaron y me toco esperar una hora a que llegara otro vuelo de Atlanta).
Espero te sirva.