Cpu fan reacciona a la temperatura del procesador
Sys fan con la temperatura de la placa base, aunque depende, aunque creo que ya algunas placas reaccionan tambien al procesador, la que sea mas alta.
Con speed fan puedes solucionar ésto. Puedes hacer que cualquier conector haga caso a cualquier sonda (gráfica, hdd, cpu..) o a varias (la mayor), y agregarle una curva personalizada.
Pocas veces es buena combinación gpu amd + caja pequeña itx (luego hay cajas itx que son mas grandes).
Pero la tuya encima lleva cristal... muy mal.
La curva que tienes no es agresiva, métele los ventiladores al 100% una vez que llegue a 80°.
También veo ventiladores de bajas rpm, no se puede tener todo amigo, itx pequeña, silencio y bajas temperaruras.... en verdad si, pero hay que elegir cada cosa mirando ppr la temperatura, una nvidia de las mas frescas + caja con mucha rejilla es lo que necesitas, así podrás mantener un poco el tamaño y ruido.
Saludos