El bus PCI comun fucniona a 33Mhz y 32Bits, esto hace un ancho de banda teorico maximo de 133Mbytes/Seg (33Mhz*32Bits/8Bits->Bytes), asi que el canal de datos de la controladora estaria algo capado ya que no es posible ya que limita el maximo teorico de un canal SATA, pero el canal de datos es eso, un simple BUS que en ningun caso silita el rendimeinto del HD ya que a dia de hoy dichos canales de datos son bastante mayores que la capacidad de transferencia real del HD, digamos que a dia de hoy un HD SATA Navito (NCQ) con 16MB de buffer a 7200Rpm pueda llegar a leer en el inicio del HD algo menos de 70Mbytes/Seg, asiq ue en cuanto al canal SATA se ve que a dia de hoy sobra canal para los HDs actuales, si tubieras 2 discos en RAID 0 si que es posible que llegases a usar el limite del PCI aunque no vaafectaar mucho, de todas formas PCI ira migrando con el tiempo a PCI-E (1X, 2X, 4X,...) y se acaba la limitacion de ancho de banda del PCI actual.
Asi que como doy a entender en lo anterior, el BUS SATA o el BUS PCI poco o nada tienen que ver con el rendimiento, lo que va a definir el rendimeinto es el propio HD con sus carateristicas (velocidad de giro y cache basicamente).
Yo si fuera tu es bastante posible que si pusiera el SO en el HD SATA, ya que es posible que sea ligeramente mas rapido que el HD donde tiene ahora el SO (pensando es que ese HD tenga ya algo de tiempo), pero en cualkier caso no esperes grandes cambios porque no seran demasiado apreciables.
Un saludo.