Yo tengo 2 HDD y 2 tarjetas, uno de 120 y otro de 60 y te puedo asegurar que tener el perfil en la tarjeta e ir moviendolo es una ruina, puesto que hay muchos juegos que las partidas guardadas las mete en el HDD, otras en la memory, etc...
Si lo que quieres es ir instalando juegos no creo que haya problemas tengas puesto uno u otro, detectara unos en uno y otros juegos instalados en otro nada mas.