Hombre, no conozco los detalles de cuanta potencia necesita el usb 2.0 frente al 1.1, pero si que hay veces que los usb no dan potencia suficiente. Pero eso suele ser para dispositivos tochos, como una alfombra usb como las del "dance revolution". Por 20€ puedes comprarte un hub usb con alimentación propia, que usa la fuente del hub y no la del pc para dar energía a los dispositivos que conectes... pero la verdad es que es raro de cojones que un triste pendrive no te funcione.
Yo antes probaría a desinstalar los drivers usb y reiniciar el PC. Al arrancar windows te los detectará como harware nuevo y reinstalará los drivers. Igual asín...