Los ficheros md5 son para comprobar el contenido de cualquier archivo (un CRC).
Algo asi como los .sfv. Si algún dia te bajas una distro linux verás que tb vienen con su firma md5 de comprobación.
Para que sirve? Compara tu md5 con la de culquier otra persona.. si coinciden los ficheros son idénticos.
Busca por el google, hay varias tools para windows.
Salu2.