Aunque no tengo muy claro el tono de la pregunta, o si son deberes, voy a tomármelo como si fuera totalmente en serio.
Lo primero que tienes que tener en cuenta es el concepto de "base imponible", que es el valor que se le da al producto o al servicio que se oferte.
A esa base imponible es a la que se le aplican los impuestos y las retenciones correspondientes.
En tu caso concreto, dices que compras un producto por un valor de 446 €, al que hay que aplicar el impuesto correspondiente (el IVA). Redondeando, esos 94 €, que te dan un total de factura de compra de 540 €.
Después dices que lo vendes por 495,86 € y aplicas el IVA por valor de 104,14 € para un total de 600 €.
Tu beneficio será de 495,86 - 446 = 49,86 €.
El IVA repercutido (el que cobras) es mayor que el soportado (el que pagas), por lo que a la hora de declararlo a Hacienda, al final del trimestre correspondiente, tendrás que pagar la diferencia, en este caso 104,14 - 94 = 10,14 €. Este impuesto (el IVA) es un impuesto neutro para el empresario, lo que significa que ni gana ni pierde con él.
En cuanto al IRPF, en caso de tener que aplicarse, se hace sobre la base imponible, y es un problema del que paga, no del que vende, aunque lo habitual es poner las cosas fáciles a los clientes e indicarlo en las facturas bien.
En tu caso, la retención se aplicaría sobre esos 495,86 € y se resta al total de la factura. Al final del trimestre el comprador debe declararla y liquidarla a la Agencia Tributaria, y el vendedor la incluirá en su declaración de la renta, si es persona física. Luego estaría el tema de la liquidación trimestral a cuenta de los beneficios obtenidos.
Ni que decir tiene que antes de emitir una factura (y antes de iniciar la actividad económica) hay que censarse adecuadamente en Hacienda y tener muy claro las obligaciones fiscales que conlleva dicha actividad. Y también las obligaciones con la Seguridad Social.