Estas un poco confundido, tu mismo has dicho que tienes dos discos duros, entonces si formateas un disco duro, formateas uno de los dos, el que tu quieras, y si, puedes copiar las cosas de uno al otro, y formatear el que queda vacio, porque cuando formateas, formateas una unidad "format x:" donde x puede ser "c:" "d:" "g:" etc...
En el caso de dos particiones en un dsico duro tambien se haría de la misma forma, pero tu caso en aún "mejor" porque son dos discos duros por separados.
Espero no haberme laido mucho y que me hayas entendido.
Saludos.