En XP es donde podrías tener mayores problemas, pero en los subsiguientes sistemas la cosa es más segura.
En XP, introduce el USB y mantén apretada la tecla Shift (Mayus); con eso anularás el arranque automático. Acto seguido le pasas el antivirus. Si después de eso algo a resistido al antivirus, para estar seguros que nada se te autoejecute cuando intentes abrir el USB, te vas al explorador, seleccionas el USB, botón derecho, Explorar.
En Vista en adelante, la función de autoarranque está deshabilitada así que no vas a tener problemas en este aspecto. Simplemente enchufa el USB y pasas el antivirus.