Hay un programa que no es un cliente de correo tipo TheBat, Outlook, Incredimail, etc., sino que accede a algunos servidores de correo como hacen los antispam, pero que puede ser que te sirva, ya que accede automáticamente (sin necesidad de Hotmail Popper) a Hotmail y también a Yahoo. De ya.com no te sé decir porque no sé si es correo web o también POP3 (en este caso, sabiendo el nombre del servidor pop, también podría manejarse).
Se trata de
ePrompter
http://www.eprompter.com/
Es gratis, puede manejar un montón de cuentas (yo lo uso con 10, y algunas de ellas del mismo servidor pero diferentes identidades: algunos programas sólo admiten una identidad por servidor). Muchas de sus características hacen pensar que es un cliente de correo normal (puedes leer correo, enviar, responder), pero su limitación (no poder ver el HTML o descargar los anexos) viene de su utilidad fundamental: eliminar en el servidor (sin haber descargado en el ordenador) los correos no deseados.
Está en inglés, pero es facilísimo de manejar y configurar. Tiene incluso salvapantallas que incorpora avisos del correo que tienes en cada cuenta, previamente personalizada con un color determinado.
Como forma de manejar el correo sin tener que acudir cada vez a la web (o sea, para varias cuentas que reciben muchos mensajes y bastante basura) es de lo mejor (yo usaba antes Internet Drummer o PopTray, también muy recomendables, pero éste da menos fallos y admite cuentas de Netscape o Hotmail sin añadidos, Lycos, Yahoo sin tener que configurar el nombre del servidor, MSN, etc.).