Si sigues teniendo problemas prueba a borrar (mejor renombrar) la carpeta del perfil de Firefox, que estara en C:\Documents and Settings\tu_usuario\Datos de programa\Mozilla\Firefox\Profiles... lo que haya dentro muevelo a otro sitio y prueba entonces.
Perderas los marcadores y otras cosas de la configuracion, pero si has movido la carpeta a otro sitio, los marcadores estan en el archivo bookmark.html dentro de la susodicha carpeta del perfil antiguo.