El calor de la de abajo, se lo traga la de arriba. En cuanto a la diferencia de temperaturas entre una y otra, es normal ya que la carga entre ambas es distinta, siendo la de abajo la que por defecto menor carga lleva.
Creo recordar que con el MSI Afterburner se podía cambiar la gráfica principal, por lo que sería interesante que dispusieras la de abajo como tal.
Un saludo.