Te aconsejo que en primer lugar camines, vayas en bici o practiques algun deporte, luego hagas natacion y finalmente te pongas a correr y vayas incrementando la distancia segun pase el tiempo. Ponerse a correr asi de primeras sin haber hecho ejercicio previamente no es muy recomendado, a duras penas pasarias de 5 minutos y lo que buscas es ponerte en forma, no rebentarte a ti mismo.
Una vez lo hagas y hayas quemado la suficiente grasa (una buena dieta ayuda a que no "recuperes" la grasa previamente quemada) es cuando llega la hora de crear musculo. Si ves que en el transcurso de los ejercicios aumentas de peso es normal, la fibra "pesa" mas que la grasa (de siempre he tenido entendido eso). Acostumbrate a correr de forma periodica combinandolo con flexiones y abdominales para fortalecer por igual y asi podras conseguir una buena forma.
Y no te machaques. Hacer esto necesita tiempo. (y preparate para las agujetas durante la primera semana ^^)