Hay que aclarar que MKVToolNix no es un programa sino un PAQUETE DE PROGRAMAS que son un multiplexor [MKVMERGE/MKVMERGE_GUI], un demultiplexor [MKVEXTRACT], un editor de las propiedades -no condundir con editor de video- [MKVPROPEDIT] y para ver los detalles del archivo matroska video [MKVINFO].
Si acaso para dividir te servira la opcion de SPLIT en MKVMERGE