Imagino que tu creacion en flash es JS, si te lo has currado con el Flash mx cuando lo salves no lo hagas con la extension .fla sino con la opcion exportar pelicula y hay te deja guardarlo en .swf, te tiene que dar un unico archivo.
Luego ese .swf lo indicas en el index de tu pagina y basta con subir el .swf al servidor por ftp y ya esta.
salu2.