Quoteo de otro site:
¿Puedo borrar la partición reservada de Windows?
Puedes, pero no debes, porque su eliminación directa impedirá el arranque del equipo. La única posibilidad una vez creada pasa por mover antes los datos de la partición reservada a la del sistema (generalmente C:). Ello implica tocar el registro, actualizar el almacén BCD, copiar archivos entre unidades, cambiar la partición activa y en Windows 8, habilitar el entorno de recuperación. Muy complicado para un usuario medio y para los pocos beneficios que obtienes de su eliminación.
Además, BitLocker necesita esta partición reservada para funcionar por lo que si utilizas (o piensas utilizar en el futuro) el sistema de cifrado debes mantener esta partición especial. El resto de funciones sí pueden estar alojadas en la partición del sistema aunque sólo se recomienda en casos extremos donde se necesiten recuperar esos 100 o 400 Mbytes de espacio en disco que utiliza o si necesitas instalar otros sistemas operativos y ya tienes ocupadas las cuatro particiones primarias (no es habitual) que permite el disco.
Si a pesar de sus ventajas no quieres que Windows cree esta partición cuando instalas el sistema en un equipo/disco nuevo hay un sencillo truco para lograrlo. Ello es posible particionando el disco con cualquier utilidad externa antes de instalar Windows, ocupando con una o varias particiones todo el tamaño del disco.
De esta forma, el instalador de Windows no encontrará espacio libre y no podrá crear la partición reservada, incluyendo los archivos necesarios en la partición activa donde instalará el sistema operativo (generalmente C:).