Lo primero, opino que el mejor software para convertir de un formato a otro es Virtual Dub (si operas con MPEG, el Virtual Dub Mod u otra variante). A su vez, me parece el mejor programa para cortar y editar de forma sencilla.
Todo esto (transformar y editar) también lo puedes hacer con el TMPGEnc de un manera un poco más profesional.
Y luego ya están programas profesionales como Adobe Premiere o AVID.