has probado a ponerle unos zapatos de cemento????... xDDDD lo siento pero tenia que decirlo xDDD...
bueno al tema... creo que símplemente con ponerle unos buenos ventiladores bajarías considerablemente el ruido que produce la caja... en concreto unos Tracens Ventus (unos 11€ la unidad) o mejor unos Noctua NF-S12 (unos 17€ la unidad), apenas hacen ruido y regulados a 900rpm si estás a más de 1m del PC es difícil escucharlos...
luego el tema del HDD, pues con una caja aislante del ruido es posbile que mitigues bastante el problema... por ejemplo un Scythe Himuro o un Trancens Lateo dan muy buenos resultados... probablemente te sea mejor el segundo porque tiene mejor sistema de anclaje (o mejor dicho se adapta mejor a todo tipo de cajas) y HDD... asegúrate de tener bahías de 5 1/4 libres, porque ambas soluciones ocupan una de éstas...