Por poder se puede. La cuestion es que no creo que nadie vaya a diseñar tal cosa, especialmente porque el precio no creo que salga a cuenta.
Trata de repararlas si puedes, pero no pongas muchas esperanzas en eso de reemplazar las PPUs con un FPGA.
Igual me equivoco y todo, pero no veo yo a nadie produciendo tal cosa, ni ahora ni a corto ni medio plazo.
En un futuro con FPGAs (u otro tipo de chips reprogramables) super baratos y pequeños, y lenguages mas estandarizados y universales, y un proceso de utilizacion tan simplificado que hasta los usuarios finales con conocimientos medios pudieran simplemente comprar un chip en blanco y programarlo cual EPROM o PIC, y, quizá, comprar un simple adaptador de patillas... en un futuro así, quizá abundarían dieseños descargables listos para flashear a un chip virgen, y tendría sentido hacer algo tan específico como lo que pides.
Pero hoy en día, tanto los FPGAs como los equipos de desarrollo y la dificultad de implementar y fabricar un diseño son suficientemente altos como para que no merezca la pena economicamente hacer lo que pides. Creo yo, vamos.
Aunque a mi tampoco me guste tirar consolas, sigue habiendo suficientes SNESes en el mundo para hacer que reemplazar chips especificos con FPGAs sea, actualmente, una solucion irracional.
Si fueran tan escasas que el tirar una supusiese un problema grande a nivel global, quizá... Pero por ahora no son una especie en peligro.