Para Mac uso un programa llamado Amadeus que carga el archivo cue y aplica separadores a la honda. Luego le dices que separe la honda según separadores y chimpum. Sesión de música electro partida en canciones en 5 minutos.
Como te han dicho, con el editor del nero podrás aplicar los cortes como quieras. Si abres el archivo cue con un editor de texto verás normalmente los nombres de las pistas y el tiempo exacto donde se produce el corte.