Sí, eso creo que es un problema de BIOS viejas que usan un sistema de direccionamiento viejo de hasta 16cilindros*256cabezas*65536sectores, que dan justo 128 GB de datos (creo que es el último de los sistemas CHS), en vez del actual LBA que creo que permite redireccionar hasta 2 TB de datos. Si la BIOS no ve 500 GB, Windows menos porque se comunica con el disco a través de la BIOS.
Eso, o has configurado el jumper del disco para limitarlo a esa capacidad...