El windows 98 no libera la memoria RAM muy bien.
Ya me pasaba a mi simplemente utilizando el explorador, mirando carpetas, moviendo archivos, trasteando cosas y llega un momento que se queda sin memoria.
Creo que hay programas para gestionar la memoria ram, seria la primera opción, y la mejor opción creo yo.
O como altenativas reinicia el ordenador,
o te actualizas el windows, el windows 2000 y posteriores no tienen ese problema.