Todo dependería del sistema operativo...
Bueno en windows 98 es facil, simplemente vas a propiedades del archivo y debería aparecer la opcíón de carpeta de inicio, luego de hacer los cambios debería generarse un archivo .pif, en windows en general (98, 2000, ME, XP) se debe crear un acceso directo del archivo cmd.exe que se encuentra en la carpeta winnt/system 32, y en las propiedades del acceso directo aparece una opción que se muestra a continuación:
(yo cree un acceso directo en el escritorio)
cuando esté todo ok, lo ejecutas y aparece esto:
Espero que te sirva, Salu2
(sorry por el tamaño de las imágenes)