La forma de hacerlo, para mi la mejor es "a mano" automatizado no siempre obtengo lo que deseo en relacion tamaño/calidad.
Cuando quiero en xvid, utilizo el virtual dub, algo tosco si, pero efectivo además si la fuente del video no es tan buena siempre puedes utilizar el poder del filtro vil
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y de audio me gusta mucho el ogg, mejor que el mp3, como formato contenedor el MKV
Aunque recientemente estoy dejando el xvid poco a poco y pasándome al x264 y como audio aac, la calidad de estos codecs es impresionante. Lo puedes hacer con herramientas libres como es por ejemplo el codec x264 (el h264 es de pago si no me equivoco)
Saludos