Aunque ahora no notarás los 6gb, ya que 3gb aún es decente (dejando el tema de que hay una leve diferencia en el rendimiento del GPU, no es igual en el modelo de 3gb) la realidad es que cuando esos 3gb sean pocos (ya hay problemas con las gráficas de 2gb según que juegos) el rendimiento será castigado severamente a más VRAM necesite por encima de la que tiene. 300 o 400mb por encima de la VRAM que se tiene puede suponer tirones bruscos intermitentes o incluso una caída de FPS generalizada.
Eso de que no hace falta más de 3gb si no vas a tirar por encima de 1080p es una chorrada, como si la configuración gráfica del juego no incluyese y sus exigencias. Cuando las texturas de los juegos y efectos pidan más de 3gb dará igual a la resolución que esté. Podrías verte en necesidad futura de bajar la calidad de texturas para mantener el consumo de VRAM a raya y no porque el GPU no pudiese.
Lo que vengo a decir es que con la de 3gb tirarás un tiempo, lo mismo incluso apenas se te da el caso de pasar de 3gb de VRAM durante bastante tiempo en la mayoría de juegos, pero a largo plazo sale más a cuenta la de 6gb. Ya depende de lo que te suponga el gasto de una a la otra y el tiempo que piensas tirar con la gráfica.