Por partes:
1. ¿Con que resolución estas trabajando?. Lo estándar es 720x576 (PAL)
2. La mosca se pone creando una pista de vídeo justo arriba de la que tienes el vídeo (valga la redundancia). Luego importas la "mosca" y con las opciones de pan&crop la reduces (o amplias) a el tamaño deseado.