Habilita permisos de usuario en el servidor con 2003 server, y teniendo tantos pcs, quizas te convenga levantar un active directory para mejorar el control de las cuentas y permisos.
Cuando en una carpeta metes permisos ntfs, el usuario tiene q autenticarse, puedes ampliar las opciones editando la consola gpedit.msc, desde donde controlaras las directivas del sistema
Espero q sirva, un saludo