Los sectores defectuosos no se pueden "arreglar" pero si son pocos los programas de formateo a bajo nivel suelen poner una marca de defectuoso sobre ese sector y se lo salta. Pero si son muchos los sectores, deberias cambiar de disco. De hecho un disco con sectores defectuosos suele ser poco fiable.
Yo suelo usar el Hiren Boot pero diria que desde windows puedes hacerlo. Click derecho en el disco propiedades, hardware, comprobar, marcas las dos casillas, si ese disco es donde esta la carpeta Windows te hara reiniciar el pc, y entonces arranca el escaneo.