Siento no llenarte de esperanzas pero te adentras en un mundo denso. El Mugen es simplemente un motor gráfico, y se usa a partir de otros juegos, a través de los cuales puedes crear nuevos sprites y escenarios. A través del XNA puedes hacer maravillas si es bien utilizado, contiene todas las librerías necesarias para el desarrollo además de una gui pero, a parte de cierta experiencia, hace falta mucha destreza en el diseño. No tiene nada que ver tus bocetos de papel con lo que puedes ser capaz de representar en pantalla. El modelado(aunque si dices que vas a basarte en 2D no lo necesitarías) es un trabajo muy extenso. Y solo estamos hablando del aspecto visual del juego.
Por otro lado, y el más importante, el juego necesita unas directrices; estas instrucciones debes programarlas, para ello también necesitas destreza en algún lenguaje, preferiblemente C++ ó el reciente C#.
Asique si me permites un consejo, primero decide si te merece la pena adentrarte, y cuando estés decidido, disponte a practicar mucho código y, sobre todo, leer mucho manual!
saludetes